島の形成以来一度も大陸と陸続きになったことがない大洋島ゆえ、動植物とも固有種の割合が高い貴重な島である。
また、長い間無人であったこの島に最初に定住したのが欧米系の住民であり、明治になって日本が領有を宣言して以降日本人が移住してきた歴史を持っている。
父島には未だに空港がなく、東京から長時間の船旅でしか来られない不便な所だが、近年特異な自然を売り物にした観光業が発達した。とりわけクジラ・イルカマニアのダイバーが大量に押しかけるようになり、秘境ムードは失われた。世界遺産登録後一層観光客の増加に拍車がかかると予測され、貴重な生態系の保護は急務であるが、かけがえのない自然への理解を深めるための観光も大切であり、両立が課題である。